Puedo confirmar el problema de registro:
waptserver.log:
2019-03-25 14:02:14,450 ADVERTENCIA Parámetros de conexión Websocket: No se puede obtener el token de autenticación: Error en el servidor:
EWaptAuthenticationFailure(u'UUID de host desconocido 01962215-7F3A-7A4C-BF90-F76BF79F6844. Regístrese primero.',)

No estoy lejos de...

Aquí está el archivo wapt-get.ini del agente que no se está registrando con el servidor WAPT:

[global]
repo_url=https://MY-WAPT-SERVER.DOMAIN.LAN/wapt
send_usage_report=1
use_hostpackages=1
wapt_server=https://MY-WAPT-SERVER.DOMAIN.LAN/
use_kerberos=0
check_certificates_validity=1
verify_cert=C ...

Nota:
No utilizo la autenticación Kerberos, por lo que modifiqué la línea en el archivo /opt/wapt/conf/waptserver.ini
allow_unauthenticated_registration = True
, reemplazando allow_unauthenticated_registration = False (valor predeterminado).

Hola,
tengo un problema muy similar: (parte de la información aquí presentada debería ayudar a algunos a configurar su GPO ;) )
La GPO está implementada, el servicio WAPT se inicia, pero el equipo no se registra en el servidor WAPT.

Tengo que hacerlo manualmente mediante el comando "wapt-get register" en línea...